微生物肥料施入土壤后，菌種、作物、土壤生態(tài)環(huán)境之間的“菌類與作物共生共榮效應”、“養(yǎng)分協(xié)調效應”、“生物固氮效應”、“激素刺激效應”、“抗病抑蟲效應”的作用，確保了作物茁壯生長和穩(wěn)定的增產效果。
1、菌類與作物的共生共榮效應 同種的生物可以有共生效應，不同種的生物也有共生效應。生物學上所說的“共生”含義，主要是指不同種的兩個個體在生活中彼此相互依賴的現(xiàn)象。例如，有一種植物名叫地衣�？伤⒉皇菃我坏闹参铮怯稍孱惡驼婢餐M成的復合體。藻類進行光合作用制造有機養(yǎng)料，菌類則從中吸收水分和無機鹽，并為藻類進行光合作用時提供原料，同時使藻類保持一定的濕度。
菌根是自然界中一種普遍的植物共生現(xiàn)象，是土壤中的菌根真菌菌絲與高等植物營養(yǎng)根系形成的一種聯(lián)合體。共生真菌從植物體內獲取必要的碳水化合物及其他營養(yǎng)物質，而植物也從真菌那里得到所需的營養(yǎng)和水分等，從而達到一種互利互助的高度統(tǒng)一的聯(lián)合體。研究表明95％的植物根部都有共生真菌的蹤跡，菌根能促進作物的生長發(fā)育，提高作物的產量、品質在許多試驗中已得到證實。建立一個以作物——菌根真菌共生體為中心的農業(yè)生產體系不僅能增加農業(yè)生產的效益，而且是建立可持續(xù)的農業(yè)生產體系的途徑之一。
現(xiàn)代科學已能確認植物與微生物間不可分離的共生關系。植物根部分泌物質來供應微生物的需求，同時微生物也生產各種不同物質來回報植物體，兩者實際上乃是共生的伙伴。要使植物生長茂盛，除了水分、養(yǎng)分之外，足夠的有益微生物乃是最重要的必要前提。
植物體包括根、莖、葉、花、果實，事實上它整體的表面穿著有一件微生物的外衣。在土壤中根的表面周圍約5厘米的范圍內，重重地圍繞著高密度的微生物，稱之為“根圈菌”。植物排出其特有的分泌物吸引無數(shù)的根圈微生物于其周圍，使得根部周圍的微生物密度遠超出非根部的土壤區(qū)域，生活在根圈的微生物也分泌出各種有機物，包括氨基酸、低分子醣類、低分子核酸、生長激素及各種酵素等等，這些有機物對植物生長、生殖等生理作用有顯著的效果，對農產品的質與量的提升貢獻很大。也有的微生物侵入根部組織內，在根細胞繁殖，這類稱之為“菌根菌”，但它不但不破壞根部組織，卻更能與根部細胞交換物質，共存共榮，促使根部活力、吸收力的增強，有利于植物健全的生長與自然抗病力的加強。在植物體表面也附著有無數(shù)的微生物，這一些微生物的存在，不但能使植株強壯，更能保護植物、減少病害。要達到有機農業(yè)“減農藥”、“減化肥”的目標，就決定于有益微生物在耕地上的培養(yǎng)之成功與否。
2、養(yǎng)分協(xié)調效應 微生物肥料主要依靠微生物新陳代謝活動發(fā)揮肥效，具有有機肥的長效性和化肥的速效特性，對蔬菜作物營養(yǎng)供應平穩(wěn)且全面。由于氮素營養(yǎng)來源于生物固氮，而且固氮活性受植物對氮元素營養(yǎng)需要生理習性的調控，只要作物不斷對氮素營養(yǎng)需要，在滿足固氮微生物所需要的固氮條件的基礎上，氮素營養(yǎng)就會得到保證。磷、鉀等元素依靠微生物對難溶性磷、鉀的逐步緩慢分解為有效成分被蔬菜作物漸漸吸收。合理施用微生物肥料，如根瘤菌類肥、固氮菌類肥、解磷菌類肥、解鉀菌類肥及幾種菌類的復合肥，有助于土壤中營養(yǎng)元素肥效的提高，減少化肥施用量。
提高化肥利用率的作用。隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，更何況還有污染環(huán)境等一系列的問題。為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。所以，根據(jù)我國作物種類和土壤條件，采用微生物肥與化肥配合施用，既能保證增產，又減少化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
改良土壤作用。微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，與植物粘液，礦物膠體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。
微生物肥料提供對作物生長有益的微生物，通過其分解、轉化等作用，土壤中有很多種養(yǎng)分才能被作物吸收利用。有益微生物含量少的土地，農作物必需的營養(yǎng)元素就不能被很好吸收和利用。有針對性地使用微生物菌肥料，就像我們發(fā)饅頭需要用“老面”、做泡菜需要用“老鹽水”一樣，可以顯著地提高土壤肥力，增加植物養(yǎng)分的供應量，促進植物生長，還能長效地修復和保護地力，讓土壤有“后勁”。
3、生物固氮效應 微生物肥料最為重要，也是研究和應用歷史最長的品種是根瘤肥料，當肥料制品中的根瘤菌侵入相應豆科植物形成根瘤并演變?yōu)轭惥w之后，利用豆科植物宿主提供的光合作用產物將空氣中的氮氣（N2） 固定為氨（NH3）。盡管大氣中的氮氣在空氣中占79%，只有將氮氣轉化為氨或其化合物之后，植物才能吸收利用，這種轉化過程如果是在高溫高壓和有催化劑的條件下實現(xiàn)的，就被稱之為工業(yè)固氮，其生產成本不僅高，而且需要大量的不可再生的能源（石油、天然氣）才能實現(xiàn)，同時這類制成品的利用率不高（例如尿素的利用率一般為30～40%左右，碳酸氫銨的利用率就更低了）。許多固氮微生物，尤其是共生固氮的根瘤菌，均有固氮酶，它們在常溫常壓下即可將氮轉化為氨，根瘤中固定的氮可以全部為植物吸收利用，所以其利用率比化學氮肥高得多。這些優(yōu)質氮素化合物可以供給豆科植物一生中的主要氮素需要。如果根瘤菌肥料中使用的是經過選育優(yōu)良菌種，加之制品中的數(shù)量優(yōu)勢，在與土著（野生）群體根瘤菌競爭當中占據(jù)有利位置，不僅可以取得增產增收的效果，而且可以節(jié)約大量的氮素化肥。減少環(huán)境污染和節(jié)約生產成本。
“土著”的概念，是相對于外來殖民者而言。土著人是指在殖民者從其他地方來到之前，就住在他們土地上的人民。他們的祖先在不同文化、或不同種族的人來的時候，就已居住在一個國家或一個地理區(qū)域。新來者后來通過征服、占領、殖民等手段，占有了統(tǒng)治地位。土壤中微生物也是如此，外來有益菌多了，就能占領原有也就是土著有害菌的地盤，使其不能快速繁殖。
4、激素刺激效應 微生物肥料的使用，促進了刺激素即植物生長類激素的產生，調節(jié)、促進作物的生長發(fā)育。硅酸鹽菌劑可以促進赤霉素、生長素和其他活性物質的產生；固氮菌劑分泌維生素B1、維生素B2、維生素B12和吲哚已酸生長素等，這些生長刺激素對于作物的生長發(fā)育有一定的調節(jié)和促進作用。
5、抗病抑蟲效應 主要表現(xiàn)在3個方面：有些微生物肥料的菌種接種作物后，由于在作物根部大量生長繁殖形成優(yōu)勢種群，除了自身的作用外，還能抑制或減少病原微生物的繁殖機會，有的本身就有拮抗病原微生物的作用。
微生物肥料施入土壤后，放線菌的次生代謝產物，如抗生素類物質、氰化物等可以抑制土著病原菌對植物根部的侵染。某些假單孢菌產生的次生代謝產物如鐵載體、假單孢菌素或是抑制了有害微生物的種群數(shù)量或是可以誘導植物產生抗性，激活防衛(wèi)機制，減少或降低病害的發(fā)生。
生物菌可誘導植物的過氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等參與植物對有害微生物的防御反應。施用微生物肥料，作物生長健壯，增強作物的抗病能力滿田春生物菌肥可抑制多種病原真菌、細菌和線蟲性病害。對立枯病、黃萎病、黑斑病、霜霉病、根腐病、晚疫病和根結線蟲病等都有明顯的抑菌防病的作用。
下面重點說一說微生物肥的防治根結線蟲機理：
（1）過微生物的活動，破壞線蟲賴以生存的環(huán)境條件，如：酸堿度等。
（2）延長線蟲的繁殖周期，減弱線蟲個體的危害。
（3）微生物肥可促進生根，相對減輕線蟲危害，能增產。
根結線蟲的發(fā)生原因及規(guī)律：過量盲目施肥造成土壤有益菌減少，有害菌增多，土壤酸化，是線蟲發(fā)生的促進因素。土壤酸度越大，線蟲危害越嚴重，尤其是過量施用未腐熟的鮮雞糞的老棚發(fā)病重。線蟲在土壤中可存活3～5年，土壤溫度25～30℃，土壤濕度40%時，線蟲發(fā)育最快，高于40℃或低于10℃，幼蟲停止活動，致死溫度為55℃10分鐘，在27℃時完成一代需25～30天，分布在5～50厘米的深層土壤中，隨著溫度濕度變化及殺蟲劑的施用，可在土壤中驅避性移動。
傳播途徑：可通過病土、病殘根、借刮風、下雨、灌水等自然移動性傳播，也可通過病苗、雞糞土雜肥、農事操作、人員走動、農具，尤其是旋耕機、挖掘機等攜帶性傳播。
防治措施：在盡可能的消除線蟲傳播途徑的條件下，合理用肥，施用生物菌肥和生物有機肥可收到較好的預防效果，由于線蟲分布在5～50厘米深的土層，最好采取“三段”防治法，常年應用。
（1）定植前地表15～20厘米土層內均勻施入微生物有機肥，每畝用量為500～1000公斤或是根據(jù)實際情況適當增減用量。
（2）定植后30～45天，沖施微生物菌肥對根系周圍20厘米的土內線蟲有較好的防治效果。
（3）每隔15～20天左右再沖一次微生物菌肥，防止30～50厘米的土層內線蟲的危害。
生物肥與化學農藥的本質區(qū)別是，后者往往重在“治標”，出了問題才被動采取對策，而生物肥則是“標本兼治”，著重從根本上改善土壤生態(tài)環(huán)境，調整土壤微生物的種群結構，營造一個不利于發(fā)病而利于作物生長的土壤生態(tài)環(huán)境，寓治于防，達到“以正壓邪”的目的
